Το 1973 έλαβε ενεργό μέρος στο αντιδικτατορικό κίνημα του Ναυτικού. Εξελέγη βουλευτής Α΄ Αθηνών με τη Νέα Δημοκρατία και ανέλαβε υπουργός Εμπορικής Ναυτιλίας την περίοδο 1974-1977. Επανεκλέχθηκε βουλευτής το 1977 και ορίστηκε υπουργός Συγκοινωνιών, θέση που διατήρησε έως το 1980.
Κατά τη διάρκεια της κυβέρνησης του Κωνσταντίνου Μητσοτάκη, ανέλαβε αρχικά καθήκοντα αναπληρωτή υπουργού Εθνικής Άμυνας, από τον Απρίλιο του 1990 έως τον Αύγουστο του 1991, ενώ στη συνέχεια διετέλεσε, για δεύτερη φορά, υπουργός Εμπορικής Ναυτιλίας, από τον Δεκέμβριο του 1992 έως τις εκλογές του Οκτωβρίου του 1993.
Κατά τη δεύτερη θητεία του στο υπουργείο Εμπορικής Ναυτιλίας ήρθε σε έντονη αντιπαράθεση με τον εφοπλιστή Γεράσιμο Αγούδημο, ο οποίος εκείνη την περίοδο κυριαρχούσε στα δρομολόγια της λεγόμενης «άγονης γραμμής». Ως αναπληρωτής υπουργός Εθνικής Άμυνας συγκρούστηκε επίσης με τον τότε υπουργό Ιωάννη Βαρβιτσιώτη, κυρίως για ζητήματα αμυντικής πολιτικής.
Μετά την εκλογική ήττα της Νέας Δημοκρατίας το 1993, ο Αλέξανδρος Παπαδόγγονας υποστήριξε με συνέπεια το «Δόγμα Ενιαίου Αμυντικού Χώρου» Ελλάδας–Κύπρου, το οποίο εφαρμόστηκε από τις κυβερνήσεις των Ανδρέα Παπανδρέου και Γλαύκου Κληρίδη, σε αντίθεση με τη γραμμή που εξέφραζε ο Ιωάννης Βαρβιτσιώτης.
Ο εκλιπών είχε τιμηθεί από τον τέως βασιλιά Κωνσταντίνο Β΄ με τον Ταξιάρχη του Φοίνικος, τον Χρυσό Σταυρό του Γεωργίου και το Μετάλλιο Στρατιωτικής Αξίας. Επίσης, είχε παρασημοφορηθεί με τον Ταξιάρχη του Τάγματος Αξίας της Γαλλίας και τον Ταξιάρχη του Τάγματος Βλαδιμηρέσκου της Ρουμανίας. Ως πρόεδρος του Ναυτικού Ομίλου Ελλάδος τιμήθηκε και από τον Πρίγκιπα Αλβέρτο.
